A partir do pack 2024.R2-S3, a manutenção citada acima possui a opção de desconto por Percentual. você deve escolher no campo Aplicar sobre se o desconto será aplicado sobre valor ou percentual, e digitar os dados no campo correspondente:

Caso ele aplique sobre o percentual, há a opção de definir um valor mínimo de desconto. Nesse caso, mesmo que o cálculo do percentual digitado resulte em um valor abaixo deste, o sistema irá considerar o valor mínimo.